Existen dos tipos de mecanismos de destrucción linfocitaria: el directo por efecto citopático de la infección viral y los indirectos que no se vinculan directamente a la infección de la célula blanco.
El primer mecanismo es inducido por la infección viral. Como en toda infección viral, la infección de la célula huésped determina condiciones de muerte para la misma mediante un mecanismo citopático directo. Los efectos citopáticos son consecuencia de: acumulación citoplasmática de altas cantidades de ADNc proveniente del ARN y la síntesis protéica de la célula huésped paralizando la biosíntesis celular; alteración de la membrana celular provocada por la evaginación de miles de partículas virales que afectan su integridad y permeabilidad selectiva; y formación de sincicios (fusión de muchas células) debido a la expresión de gp120 en las membranas por los linfocitos infectados, los cuales reclutan células no necesariamente infectadas a través de la interacción CD4-gp120.
Actualmente se acepta que los efectos citopáticos directos no son los únicos que operan in vivo y se ha demostrado que muchos LTCD4+ no infectados son eliminados diariamente.
