Aunque la enfermedad puede mostrar diferencias evolutivas de un paciente a otro, la historia natural de la infección por el VIH en una persona que no recibiera tratamiento antirretroviral presentaría tres fases sucesivas: aguda o de infección primaria, crónica o período asintomático e inmunodeficiencia severa o período sintomático. En la fase aguda o de infección primaria (primoinfección) después de dos a seis semanas del ingreso del VIH al organismo, el 50-70% de los sujetos presentan un síndrome de impregnación viral o más característicamente un síndrome mono nucleósido. Luego el VIH abandona la circulación sanguínea e invade los órganos linfáticos, sitio donde se replica hasta alcanzar una concentración crítica que determina una fuerte viremia inicial responsable de la diseminación del virus en el organismo. Dicha diseminación se produce principalmente hacia los tejidos linfoides y el cerebro. Dos a seis semanas después de la primoinfección aparece el antígeno p24 del VIH; éste desaparece mientras comienzan a detectarse anticuerpos en sangre en un lapso de dos a doce semanas. El tiempo entre el inicio de la infección y la detección en sangre de los anticuerpos específicos contra el VIH se denomina período ventana y puede tener una duración de hasta tres meses. En la etapa aguda de la infección dura aproximadamente seis a ocho semanas.
