La segunda fase (crónica o período asintomático) se caracteriza por la ausencia de signos y síntomas clínicos. En la mayoría de los pacientes tiene una duración de diez a doce años. Dada la ausencia de síntomas, este período puede considerarse como de latencia clínica. Sin embargo, en él se produce un lento y progresivo deterioro del sistema inmunitario, además de una replicación viral crónica y persistente.
Esta característica convierte al VIH en único, dado que la respuesta inmunitaria no logra eliminar el virus del organismo ni controlar su diseminación. Por lo tanto decimos que si bien existe una latencia clínica, no se produce una etapa de latencia microbiológica, manteniéndose en consecuencia una replicación viral incesante, activa y persistente que determina la cronicidad de la infección.
Por lo tanto podemos decir que la principal característica evolutiva de la infección por el VIH es la existencia simultánea de latencia clínica sin latencia microbiológica. Luego aparece el período sintomático o de inmunodeficiencia severa (SIDA), la cual está caracterizada por inmunodepresión severa con desaparición virtual de las respuestas efectoras antivirales específicas y depleción profunda de los LTCD4. Las manifestaciones clínica están vinculadas con las complicaciones infecciosas por microorganismos oportunistas, a la alta incidencia de algunas neoplasias malignas como linfomas o sarcoma de Kaposi, al compromiso neurológico y al gran deterioro del estado general.
