El aparato respiratorio posee mecanismos de defensa, mediante acciones mecánicas y respuestas inmunológicas, las cuales garantizan la esterilidad de las vías aéreas inferiores impidiendo la invasión bacteriana. La primera barrera la constituye el reflejo tusígeno; las bifurcaciones bronquiales favorecen la impactación de gérmenes y partículas sobre las paredes mucosas cuando se establece un flujo aéreo turbulento. El aparato mucociliar es el encargado de la “limpieza” del moco, mediante el mecanismo de barrida de sus cilios. Cuando estas instancias son superadas, los macrófagos alveolares fagocitan las bacterias patógenas y los virus, constituyendo una barrera formidable con capacidad de bloquear la invasión microbiana. Esta acción la complementan la actividad de granulocitos y polimorfonucleares, el sistema de complemento y la inmunidad específica humoral (inmunoglobulinas) y celular.
Existen factores diversos que pueden alterar estos mecanismos. Los virus respiratorios destruyen cilias y alteran su código genético, disminuyendo su movilidad y la efectividad de la limpieza. Esto conlleva a un incremento importante de bacterias con inóculos mayores de 105, que superan la capacidad fagocitaria de los macrófagos alveolares, favoreciéndose la invasión.
Un daño similar lo causan las drogas utilizadas como antitusivos o expectorantes, hipnóticos, humo de cigarrillo y otros factores del medio ambiente, como productos de combustión de desechos orgánicos.
Se ha demostrado que algunas condiciones del huésped predisponen a que la respuesta inmune sea pobre. La desnutrición disminuye los niveles de inmunoglobulinas A 11S en las secreciones responsables de impedir la adherencia y que tienen, además, funciones de anticuerpo específico. Diversas alteraciones inmunitarias predisponen a neumonías severas o recurrentes como el déficit de IgG, en especial algunos subtipos: Ig2 e Ig4.
Entre las condiciones que favorecen las infecciones respiratorias del tracto inferior, se encontraron los niveles bajos de anticuerpos contra polisacáridos neumocócicos en lactantes menores de 6 meses, lo cual incrementa el riesgo de IRA grave.

El conocimiento de las enfermedades autoinmunes es un hecho obligado en la práctica clínica diaria. En la actualidad, los inmunólogos e investigadores básicos nos están ayudando a comprender y descifrar el complejo mecanismo del sistema inmune y sus alteraciones. A la vez que conocemos mejor la fisiopatología y los mecanismos implicados en el desarrollo de las enfermedades autoinmunes, los clínicos asistimos cada vez a más pacientes con enfermedades en que las alteraciones inmunológicas tienen protagonismo tanto patogénico como pronóstico y terapéutico.
Todos los órganos y sistemas de nuestra economía pueden verse afectados por enfermedades inmunológicas y, cada vez más, enfermedades etiquetadas como idiopáticas corresponden al grupo de enfermedades inmunes. La agresión por agentes externos (fármacos, bacterias, virus como el VIH, sustancias del medio ambiente, etc.) tiene una relación directa con el sistema inmune, cuyas alteraciones provocan unas repercusiones clínicas concretas. Predominaba el concepto de que las enfermedades autoinmunes incidían en personas jóvenes o de edad media. Si bien esto es cierto, cada vez asistimos a un creciente aumento de enfermos con edades avanzadas con procesos inmunológicos. Probablemente los estados nutritivos y la propia vejez influyan en el desarrollo de alteraciones inmunológicas.

Los monocitos circulantes se mantienen dentro de cifras normales en la evolución de la enfermedad. Debido a que tanto los macrófagos tisulares como sus precursores circulantes (monocitos) expresan bajas cantidades de CD4+ y de receptores de citoquinas (CCR5, CXC4 y CCR3) en su membrana, son blancos demostrados de infección por el virus del VIH. Esta infección no causa efectos citopáticos importantes en las células, por lo tanto éstas se comportan como reservorios crónicos del virus donde éste se replica y disemina.
Esta cualidad es uno de los principales obstáculos para la erradicación de la infección. Como consecuencia de la infección directa y de la alteración de los perfiles normales de citoquinas por disfunción de los LTCD4+ y LTCD8+, suelen observarse muchos defectos funcionales. El primero es la diseminación de la secreción de IL-1 e IL-12 con aumento de la producción de IL-10.
Este efecto provoca un desplazamiento hacia respuestas inmunes de tipo Th2 característico de la enfermedad. El segundo defecto funcional es la presentación antigénica defectuosa a linfocitos T, asociada a una débil expresión constitutiva e inducible de HLA de clase II. El tercero es la diseminación de las capacidades fagocíticas (baja expresión de receptores Fc y C3) .