En los pacientes en tratamiento antirretroviral, en los cuales la presencia de partículas virales libres en el plasma (carga viral) llega a ser indetectable, la replicación viral continúa en diferentes compartimentos celulares. Dichos sitios son considerados reservorios de la replicación del VIH y las principales células son los macrófagos, las células dendríticas y los linfocitos T memoria.
Conceptualmente existen dos tipos de reservorios para el VIH, uno anatómico y otro celular. Los reservorios anatómicos incluyen aquellas estructuras o sitios inmunológicos aislados (el sistema inmunitario no puede acceder y por lo tanto no puede cumplir eficazmente su función), los cuales están separados de la sangre periférica y de la circulación linfática por barreras. Éstos son el sistema nervioso central, los testículos y quizás el feto en desarrollo.
Existen además otros sitios de replicación viral en los cuales no pueden ser cumplida correctamente la vigilancia inmunológica y de la misma manera no pueden penetrar en forma adecuada los fármacos antivirales. Éstos son la mucosa de las vías respiratorias, del aparato gastrointestinal y del aparato reproductor femenino.