En las etapas finales de la enfermedad, existe una destrucción progresiva de la trama reticular de las CDF que provocan la pérdida de la capacidad de filtro antigénico ganglionar y la activación deficientes de los linfocitos B y T. Esto se traduce clínicamente por aumento progresivo de la viremia y por depresión de las respuestas inmunes antivirales.
En estas condiciones las partículas virales pueden recircular libremente, lo que explica el aumento progresivo de la viremia que caracteriza a las etapas finales de la enfermedad. En los órganos linfoides primarios (timo y médula ósea), también existe una destrucción progresiva de la trama reticular que se forma a partir de células de origen reticular y de células epiteliales tímicas.
Estas células son esenciales para la maduración y selección del repertorio de células inmunocompetentes como los linfocitos B (médula ósea) y los T (timo). De esto se deduce que la destrucción progresiva del estroma tímico, determine una disfunción del timo que colabora en la depleción de los LTCD4+ a través de una reposición deficiente ante el aumento de la destrucción. Además es importante destacar el compromiso de las células precursoras hematopoyéticas en la infección por el VIH.