La segunda fase (crónica o período asintomático) se caracteriza por la ausencia de signos y síntomas clínicos. En la mayoría de los pacientes tiene una duración de diez a doce años. Dada la ausencia de síntomas, este período puede considerarse como de latencia clínica. Sin embargo, en él se produce un lento y progresivo deterioro del sistema inmunitario, además de una replicación viral crónica y persistente.
Esta característica convierte al VIH en único, dado que la respuesta inmunitaria no logra eliminar el virus del organismo ni controlar su diseminación. Por lo tanto decimos que si bien existe una latencia clínica, no se produce una etapa de latencia microbiológica, manteniéndose en consecuencia una replicación viral incesante, activa y persistente que determina la cronicidad de la infección.
Por lo tanto podemos decir que la principal característica evolutiva de la infección por el VIH es la existencia simultánea de latencia clínica sin latencia microbiológica. Luego aparece el período sintomático o de inmunodeficiencia severa (SIDA), la cual está caracterizada por inmunodepresión severa con desaparición virtual de las respuestas efectoras antivirales específicas y depleción profunda de los LTCD4. Las manifestaciones clínica están vinculadas con las complicaciones infecciosas por microorganismos oportunistas, a la alta incidencia de algunas neoplasias malignas como linfomas o sarcoma de Kaposi, al compromiso neurológico y al gran deterioro del estado general.

La clasificación que se usa actualmente tanto para adolescentes como para adultos es la propuesta por CDC en 1993, en la cual se establecen diferentes grupos combinando la clínica y el recuento de LTCD4+. La categoría clínica A la cual corresponde a la primoinfección se caracteriza por ser pacientes asintomáticos con alguna linfoadenopatía. Mientras que la categoría B son todos aquellos pacientes que no hayan presentado ningún síntoma o signo de la categoría C. En la misma el paciente puede presentar sintomatología correspondiente a la inmunidad celular tales como: candidiasis bucofaríngea, leucoplasia oral vellosa, púrpura trombocitopénica idiopáticaneuropatía periférica, angiomatosis bacilar, entre otras.
Por último la categoría C corresponde a todos aquellos pacientes que presenten por lo menos uno de las siguientes enfermedades: candidiasis bronquial, traqueal, pulmonar o esofágica; coccidioidomicosis diseminada o extrapulmonar; criptococosis extrapulmonar; criptosporidiosis intestinal crónica; histoplasmosis diseminada o extrapulmonar; neumonía por pneumocystis carinii; neumonías a repetición (más de dos en un mismo año), entre otras mucha más.
En conclusión quedan comprendidos dentro de la definición SIDA los pacientes VIH positivos que presenten menos de 200 LTCD4+ y los que hayan presentado una de las enfermedades señaladas en la categoría C. Una vez que el paciente ingrese a la categoría definida por la clínica o por el número de LTCD4+, no podrán volver a la categoría previa.

La primera prueba que se realiza en la pesquisa virológica es el test de ELISA – Enzyme Linked Immuno-sorbent Assay (prueba de inmunoenzimática)-. Existen otras similares pero esta es la más frecuente. Esta prueba, como toda prueba serológica no reconoce el virus, sino los anticuerpos generados por el organismo para defenderse del microorganismo. Es decir, si hay anticuerpos, hay virus. Esto quiere decir que si hay anticuerpos es porque el organismo ya tubo contacto con el virus.

ELISA es una prueba muy sensible, ya que ante la mínima presencia de anticuerpos del virus,  dará un resultado positivo. Si el estudio da negativo es porque efectivamente el virus no está presente. Es una prueba de tamizaje. La alta sensibilidad de esta prueba puede dar como resultado “falsos positivos” ante anticuerpos similares, lo que obliga a realizar una prueba confirmatoria.

A las personas con resultado positivo, se les realiza una segunda prueba, más específica y menos sensible, para confirmar la presencia de anticuerpo de VIH y eliminar del grupo de los “positivos” a las personas que no están infectadas por el virus. La más frecuente es la Western-blot. Esta segunda prueba solo se realiza a los resultados positivos. Stas prubas de laboratorio (ambas) son test indirectos, ya que captan la respuesta deel huésped a la infección y no el virus o antígenos del mismo.