Los individuos infectados por el VIH presentan un disbalance en el perfil de secreción y niveles de citoquinas circulantes. Los mismos muestran predominio progresivo de los perfiles tipo Th2 a expensas de una disminución en las citoquinas de tipo Th 1. Dicho predominio de citoquinas Th2 favorece la replicación viral y la progresión de la enfermedad; además la deficiencia de respuesta Th1 dificulta la creación de respuestas celulares antivirales. Esto explica que los leucocitos de sujetos seropositivos expresen aumento de la secreción de IL-4 e IL-10 y disminución de la producción de IL-2, IFN-gama e IL-12 después de su activación in vitro.
Parece evidente que el propio virus es capaz de inducir una desviación de las respuestas inmunes con predominio de Th2 en detrimento de las de tipo Th1. Desde dos perspectivas, esto genera una situación beneficiosa para la persistencia del virus en el organismo. La primera (microbiológica), en la cual el virus se asegura de la expansión de clones Th1 que son los más propicios para la infección y la replicación del mismo. Y la segunda desde los inmunológicos, el VIH se beneficia desviando las respuestas efectoras celulares más efectivas en la respuesta antiviral.

En las etapas finales de la enfermedad, existe una destrucción progresiva de la trama reticular de las CDF que provocan la pérdida de la capacidad de filtro antigénico ganglionar y la activación deficientes de los linfocitos B y T. Esto se traduce clínicamente por aumento progresivo de la viremia y por depresión de las respuestas inmunes antivirales.
En estas condiciones las partículas virales pueden recircular libremente, lo que explica el aumento progresivo de la viremia que caracteriza a las etapas finales de la enfermedad. En los órganos linfoides primarios (timo y médula ósea), también existe una destrucción progresiva de la trama reticular que se forma a partir de células de origen reticular y de células epiteliales tímicas.
Estas células son esenciales para la maduración y selección del repertorio de células inmunocompetentes como los linfocitos B (médula ósea) y los T (timo). De esto se deduce que la destrucción progresiva del estroma tímico, determine una disfunción del timo que colabora en la depleción de los LTCD4+ a través de una reposición deficiente ante el aumento de la destrucción. Además es importante destacar el compromiso de las células precursoras hematopoyéticas en la infección por el VIH.

Con respecto a los mecanismos indirectos de destrucción de los LTCD4+, éste se produce por un mecanismo citotóxico antivirales mediados por LTCD8+ y células natural Killer (NK). Se ha observado que los LTCD4+, infectados o no, son capaces de fijar o expresar la gp120 circulante o inmunocomplejos gp120-anticuerpos u otros antígenos virales.
En estas condiciones, dichas células son leídas por el sistema inmunitario como infectadas, induciendo respuestas efectoras contra sus propios LTCD4+ a través de citotoxicidad directa o citotoxicidad dirigida por anticuerpos. En esta última los efectores están en el compartimiento de LTCD8+ y células NK.
En el mecanismo autoinmunitario, se considera que la gp120-160 comparte cierta homología estructural con las moléculas de histocompatibilidad (HLA) de clase II, las cuales son los ligandos naturales de la molécula HLA-II propias. Así el sistema inmune es capaz de identificar dicha interacción (anti-gp120-HLA-II) como HLA modificada y desencadena una respuesta de rechazo alogénico.